Тогда так.
Цитата: в четвертом квартале получили аванс в размере 1000000рублей
В четвертом квартале - по дате получения денег (не позднее 5 дней) составляете и передаёте заказчику счет-фактуру №1 на аванс 1 000 000 рублей. НДС считаем по расчетной ставке 1 000 000 / 120% х 20% = 166 666,67.
В книге продаж этой же датой регистрируете счет-фактуру на аванс - 1000000, в том числе НДС 166666,67.
Цитата: реализацию сделали на 500000 рублей
По дате отгрузки (не позднее 5 дней) составляете и передаёте заказчику счет-фактуру №2 на отгрузку 416667 + (НДС) 83333 = 500000.
В книге продаж делаете запись об отгрузке и регистрируете счет-фактуру на отгрузку: 500000, в том числе НДС 83333.
В книге покупок делаете вычет и регистрируете счет-фактуру №1 на аванс, но только на 500 000 руб., в том числе НДС (по расчетной ставке) 83 333,33 руб.
Цитата: в 1 квартале был взят ещё аванс
Всё в том же порядке:
- по дате получения денег (не позднее 5 дней) составляете и передаёте заказчику счет-фактуру №3 на всю сумму аванса, НДС считаем по расчетной ставке 20% / 120%.
- в книге продаж этой же датой регистрируете счет-фактуру №3.
Цитата: и также реализация была на меньшую сумму
И здесь такой же порядок, как и в 4 квартале:
- по дате отгрузки (не позднее 5 дней) составляете и передаёте заказчику счет-фактуру №4 на сумму отгрузик;
- в книге продаж делаете запись об отгрузке и регистрируете счет-фактуру №4 на отгрузку;
- в книге покупок делаете вычет и регистрируете сначала счет-фактуру №1 на остаток аванса, если его не хватает, тогда второй строкой регистрируем свет-фактуру №3 на второй аванс, но только на недостающую сумму.
Так, по очереди и будете зачитывать свои авансы...
Успехов!